Tüp bebek tedavisinin onlarca iyi yönü olduğu açıktır. Fakat hastalarımıza bu tedaviyi mucize tedavi gibi sunmaya karşıyız. Gerçek şu ki elimizden geleni yapsak da bir tüp bebek döngüsü başarısız olabilir. Bu işlemin başarısı garanti edilmez ve hastalar başarılı olmadan önce genellikle birden fazla tedavi döngüsünden geçmek zorunda kalabilirler. Bu doğal olarak kadından kadına değişir. Tüp Bebek tedavisinde de uzmanlık işte bu yönden fark yaratır. Danıştığınız hekimin sadece bir tüp bebek doktoru değil iyi bir kadın doğum uzmanı olması, kişiselleştirilmiş olarak daha yüksek başarı olasılığı sağlar. Gerçekçi olmak, ancak başarı şansı konusunda da olumlu olmak önemlidir. Bunun yanında tüp bebek tedavisi ile ilişkili yan etkiler ve riskler de olabilir. Tıbbi bir tedavi olarak, Tüp bebek tedavisinin yan etkileri geliştirme olasılığı çok düşüktür. Bunların en şiddetlisi “yumurtalık hiper-stimülasyon sendromudur (OHSS)”.

Çoklu hamilelik de tüp bebek tedavisinin bir dezavantajı olarak görülebilir. Tüp bebek tedavilerinde gebelik şansını arttırmak için genellikle rahme geri yerleştirilen birden fazla embriyo kullanılır ve bu da çoğul gebelik olasılığının daha yüksek olmasına yol açar. Tüp bebek gebeliklerinin yaklaşık %20-30'u çoğul gebeliklerle sonuçlanabilir. Çoğul gebelikler anne ve bebek için ilişkili sağlık riskleri taşır: çoğul gebeliklerde erken doğum, düşük, sezaryen ihtiyacı, ölü doğum ve bebek sağlığı sorunları olasılığı artar. Tüm doğurganlık kliniklerinin, çoğul gebelik risklerinden kaçınmak için sağlam tek embriyo transfer politikalarına sahip olması önemlidir. Tüp bebek tedavisi ile özellikle fallop tüpleri hasar görmüş kadınlarda dış gebelik riski ikiye katlanarak %1-3'e çıkar. 

Diğer bir yönden de tüp bebek tedavisi ile ilişkili yüksek östrojen seviyelerinin bebeklerde erken doğum ve düşük doğum ağırlığı riskini artırabileceğine dair kanıtlar vardır. Tüp bebek sırasında yüksek stimülasyon vermenin bebeğin erken ve daha düşük doğum ağırlığı ile doğma şansını artırdığına dair artan kanıtlar vardır. Bu, çocuk için uzun vadeli sağlık sorunlarıyla ilişkilendirilmiştir. Yüksek östrojen seviyelerinin rahim içi ortamı etkileyebileceği teoridir. İlaçsız ve düşük ilaçlı yaklaşımlarla, doğan bebeklerin, yüksek östrojen seviyeleri ile ilişkili yüksek uyarımlı tüp bebek tedavisi ile doğanlara göre tam zamanında ve daha yüksek doğum ağırlıklı doğma olasılıklarının daha yüksek olduğu gözlemlenmiştir. Tedavi başarısının sadece canlı doğum değil, sağlıklı tam süreli canlı doğum olduğuna inandığımız için doğal ve hafif tüp bebek tedavisine bağlı kalmamızın nedenlerinden biri de budur. 

Tüp bebek tedavisinin dezavantajları arasında sayabileceğimiz durum özellikle kadın tarafının ruhsal durumunu zorlayıcı olmasıdır. Tüp bebek tedavisi duygusal/psikolojik bir bedel alabilir. Tüp bebek tedavisinden geçmek oldukça duygusal ve stresli bir deneyimdir. Tedavi fiziksel ve duygusal olarak zorlayıcı olabilir. Partnerler için de sevdiği kişinin stresli bir deneyim yaşamasını izlemek zor olabilir. Tüp bebek tedavisinde psikolojik sağlığınızı ön planda tutmanız önemlidir. Ve bu aynı zamanda vücut sağlığı için de iyidir. Kısa, düşük ilaçlı protokollerimiz stres miktarını en aza indirmeye yardımcı olacaktır. 

Tüp Bebek Tedavisinde bazı hastalarımız etik konular hakkında endişe duyabilir. Bazı embriyoları seçme ve potansiyel olarak diğerlerini atma fikri herkesin hoşuna gitmeyebilir. Tedaviye başlamadan önce kendi duruşunuzu ve hangi konuda rahat olacağınızı düşünmelisiniz. Birden fazla embriyo oluşturulmasından rahatsızsanız, elde edilen diğer yumurtaları embriyo oluşturmak için döllemek yerine dondurarak koruyabilirsiniz.